ニュース on 生物プロセス工学研究室梶田グループ

2026年日本バイオインフォマティクス学会年会・第14回生命医薬情報学連合大会で発表しました

Wed, 26 Aug 2026 00:00:00 +0000

2026年日本バイオインフォマティクス学会年会・第14回生命医薬情報学連合大会（2026年8月26〜28日、相模原）で、修士課程2年の学生がポスター発表しました。

科研費基盤研究(B) に採択されました（2026〜2029年度）

Wed, 01 Apr 2026 00:00:00 +0000

科研費基盤研究(B)「アクティブな熱力学的力によるミトコンドリア秩序形成と細胞内ATP分布最適化の理解」（26K00674、2026年4月〜2030年3月）が始まりました。

定量生物学の会福井キャラバン2025 を開催しました

Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0000

定量生物学の会福井キャラバン2025 を福井大学文京キャンパスで開催しました。

『理論生物学事典』にコラムを執筆しました

Sat, 01 Nov 2025 00:00:00 +0000

巌佐庸・大槻久・佐竹暁子・望月敦史編『理論生物学事典』（朝倉書店, 2025）の「6. 医学」にコラム 11「T 細胞活性化」を執筆しました。

Oxford-Japan Symposium で発表しました

Tue, 23 Sep 2025 00:00:00 +0000

Oxford-Japan Symposium on Cell Behaviors in Simple to Complex Environments で “Active thermodynamic force-driven mitochondrial alignment” を発表しました。

第64回日本生体医工学会大会で発表しました

Thu, 05 Jun 2025 00:00:00 +0000

第64回日本生体医工学会大会で「細胞内ミトコンドリアの自律的配置制御メカニズム」を発表しました。

武田科学振興財団ライフサイエンス研究助成に採択されました（2025〜2029年度）

Sun, 01 Jun 2025 00:00:00 +0000

武田科学振興財団ライフサイエンス研究助成「言語モデルによる免疫レパトア多様性制御機構の解明」（2025年6月〜2030年3月）が始まりました。

科研費基盤研究(C) に研究分担者として参加しています（2025〜2028年度）

Tue, 01 Apr 2025 00:00:00 +0000

科研費基盤研究(C)「冬虫夏草が生産するコルジセピン（アデノシンアナログ）の生合成経路の解析」（2025年4月〜2029年3月、研究代表者: 櫻井明彦）に研究分担者として参加しています。

1st India-Japan Workshop で招待講演を行いました

Fri, 21 Feb 2025 00:00:00 +0000

1st India-Japan Workshop on Physical Aspects of Living Systems で “Active thermodynamic force-driven mitochondrial alignment” の招待講演を行いました。

Physical Review Research に論文が掲載されました（ミトコンドリアの整列）

Mon, 29 Apr 2024 00:00:00 +0000

論文 “Active thermodynamic force driven mitochondrial alignment” が Physical Review Research 6, L022024 (2024) に Letter として掲載されました。doi:10.1103/PhysRevResearch.6.L022024

定量生物学の会第十一回年会を開催しました

Sat, 06 Jan 2024 00:00:00 +0000

定量生物学の会第十一回年会を東京大学生産技術研究所で開催し（2024年1月6〜7日）、ポスター発表も行いました。

新学術領域研究「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」の第7回領域会議で発表しました

Thu, 21 Sep 2023 00:00:00 +0000

新学術領域研究「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」（領域番号 8104）の第7回領域会議（2023年9月21〜22日、朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター）で「神経軸索内ミトコンドリアによる等間隔パターン形成」を発表しました。

2023年度日本数理生物学会年会で発表しました

Wed, 06 Sep 2023 00:00:00 +0000

2023年度日本数理生物学会年会で「Active thermodynamic forceによる擬似斥力を利用した細胞内オルガネラの移動と配置」を発表しました。修士課程2年の学生もポスター発表しました。

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和5年度）で発表しました

Tue, 22 Aug 2023 00:00:00 +0000

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和5年度）で「Active thermodynamic forceによる擬似斥力を利用した細胞内オルガネラの整列」を発表しました。修士課程2年の学生も口頭発表しました。

CoPhEE2023 でポスター発表しました

Sat, 12 Aug 2023 00:00:00 +0000

Collective Phenomena in complex systems: problems inspired by Ecology and Evolution（CoPhEE2023）で “Active thermodynamic force driven mitochondrial alignment” をポスター発表しました。

STATPHYS28 でポスター発表しました

Mon, 07 Aug 2023 00:00:00 +0000

28th International Conference on Statistical Physics（STATPHYS28）で “Noise-induced receptor clustering as a functional role of noise for reducing errors in target ligand detection” をポスター発表しました。

arXiv にプレプリントを公開しました（ミトコンドリアの整列）

Tue, 09 May 2023 00:00:00 +0000

論文 “Active thermodynamic force driven mitochondrial alignment” のプレプリントを arXiv に公開しました。arXiv:2305.05553

その後、Physical Review Research 6, L022024 (2024) に Letter として掲載されました。doi:10.1103/PhysRevResearch.6.L022024（掲載のお知らせ）

日本物理学会 2023年春季大会で発表しました

Sat, 25 Mar 2023 00:00:00 +0000

日本物理学会 2023年春季大会で「Entropic forceに基づく細胞内オルガネラの移動」を発表しました。

第7回理論免疫学ワークショップで発表しました

Tue, 21 Mar 2023 00:00:00 +0000

第7回理論免疫学ワークショップで「患者由来遺伝子発現量データからの疾患進行度推定とその応用」を発表しました。

定量生物学の会第十回年会で発表しました

Thu, 15 Dec 2022 00:00:00 +0000

定量生物学の会第十回年会で「空間を考慮した転写ダイナミクスの数理モデリング」をポスター発表しました。修士課程2年の学生もポスター発表しました。

npj Systems Biology and Applications に論文が掲載されました（慢性骨髄性白血病の治療応答予測）

Thu, 13 Oct 2022 00:00:00 +0000

論文 “Early dynamics of chronic myeloid leukemia on nilotinib predicts deep molecular response” が npj Systems Biology and Applications 8, 39 (2022) に掲載されました。doi:10.1038/s41540-022-00248-3

Cancers に論文が掲載されました

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

論文 “Time-series clustering of single-cell trajectories in collective cell migration” が Cancers 14 (19), 4587 (2022) に掲載されました。doi:10.3390/cancers14194587

同じ学科の藤田聡先生のグループとの共同研究です。上皮間葉転換を起こした細胞と起こしていない細胞を一緒に培養し、繊維状の足場の上を集団で移動する様子をタイムラプス顕微鏡で撮影しました。その動画から一つ一つの細胞の軌跡を取り出し、時系列のクラスタリングで似た移動パターンをもつ細胞を分類する方法を示しました。同じクラスターには上皮系と間葉系の両方の細胞が含まれ、その分かれ方は細胞の位置や分裂と関係していました。

日本遺伝学会第94回大会のワークショップで発表しました

Thu, 15 Sep 2022 00:00:00 +0000

日本遺伝学会第94回大会のワークショップで「生命医科学分野における数理・データサイエンス研究の始め方」について発表しました。

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和4年度）で発表しました

Wed, 24 Aug 2022 00:00:00 +0000

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和4年度）で「機械学習による多変量データからの生体ネットワーク推定」を発表しました。

第6回理論免疫学ワークショップで発表しました

Mon, 14 Mar 2022 00:00:00 +0000

第6回理論免疫学ワークショップで「疾患ダイナミクスから慢性骨髄性白血病の治療効果を個別かつ早期に予測する」を発表しました。

Molecular and Cellular Neuroscience に論文が掲載されました（軸索内ミトコンドリア）

Fri, 04 Feb 2022 00:00:00 +0000

論文 “Intermitochondrial signaling regulates the uniform distribution of stationary mitochondria in axons” が Molecular and Cellular Neuroscience 119, 103704 (2022) に掲載されました。doi:10.1016/j.mcn.2022.103704

第39回染色体ワークショップで発表しました

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会で「遺伝子上のRNAポリメラーゼII移動ダイナミクスの数理モデリングと実験データとの統合に向けた試み」を発表しました。

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和3年度）で招待講演を行いました

Tue, 21 Sep 2021 00:00:00 +0000

福井大学ライフサイエンスイノベーションセンター研究交流会（令和3年度）で「個別化医療の実現に向けた疾患ダイナミクスのデータ駆動型数理モデリング」の招待講演を行いました。

日本数理生物学会2021年大会で発表しました

Mon, 13 Sep 2021 00:00:00 +0000

日本数理生物学会2021年大会で「軸索内ミトコンドリア空間分布の数理モデリング」を発表しました。

ムーンショット合同ワークショップで発表しました

Fri, 13 Aug 2021 00:00:00 +0000

合原・村上ムーンショットプロジェクト合同ワークショップで「細胞内局在変化が生み出す免疫・神経機能への数理的アプローチ」を発表しました。

科研費若手研究に採択されました（2021〜2025年度）

Thu, 01 Apr 2021 00:00:00 +0000

科研費若手研究「転写酵素の遺伝子間動態に基づく細胞分化モデルの構築と実データによる検証」（2021年4月〜2026年3月）が始まりました。

bioRxiv にプレプリントを公開しました（慢性骨髄性白血病の治療応答予測）

Wed, 17 Feb 2021 00:00:00 +0000

論文 “Early dynamics of chronic myeloid leukemia on nilotinib predicts deep molecular response” のプレプリントを bioRxiv に公開しました。doi:10.1101/2021.02.17.431221

JRNAL に論文が掲載されました

Wed, 20 May 2020 00:00:00 +0000

論文 “An error correction mechanism for reliable chemical communication systems” が Journal of Robotics, Networking and Artificial Life 7 (1), 52–57 (2020) に掲載されました。doi:10.2991/jrnal.k.200512.011

福井大学に着任しました

Sun, 01 Mar 2020 00:00:00 +0000

東京大学生産技術研究所助教を退職し、福井大学学術研究院工学系部門生物応用化学講座助教に着任しました。

Chaos に論文が掲載されました（受容体クラスターによるリガンド検出）

Fri, 24 Jan 2020 00:00:00 +0000

論文 “Reliable target ligand detection by noise-induced receptor cluster formation” が Chaos 30 (1), 011104 (2020) に掲載されました。doi:10.1063/1.5140714

細胞内の反応は確率的ですが、細胞は似た分子の多い環境でも標的の分子を確実に検出します。リガンドが引き起こす受容体の確率的なクラスター形成によって、ゆらぎがかえって感度と特異性を高めうることを示しました。この効果は、標的のリガンドが、クラスターが受容体を取り込む協同的な反応を促す場合に生じます。非標的のリガンドが増えても、ゆらぎの強さを調節すれば検出の性能は保たれます。

生産研究に解説が掲載されました（免疫T細胞の抗原識別）

Sat, 30 Mar 2019 00:00:00 +0000

解説「免疫T細胞における抗原分子識別の定量的生物学」が 生産研究 71 (2), 125–132 (2019) に掲載されました。doi:10.11188/seisankenkyu.71.125

Physical Review E に論文が掲載されました（0次超特異性によるリガンド識別）

Fri, 14 Jul 2017 00:00:00 +0000

論文 “Balancing specificity, sensitivity, and speed of ligand discrimination by zero-order ultraspecificity” が Physical Review E 96, 012405 (2017) に掲載されました。doi:10.1103/PhysRevE.96.012405

Biophysics に総説が掲載されました（T 細胞の抗原識別）

Thu, 26 Mar 2015 00:00:00 +0000

総説 “Experimental and theoretical bases for mechanisms of antigen discrimination by T cells” が Biophysics 11, 85–92 (2015) に掲載されました。doi:10.2142/biophysics.11.85

ニュース on 生物プロセス工学研究室 梶田グループ